Les ossements animaux et les restes végétaux issus des fouilles archéologiques constituent une source d’information riche et originale sur l’histoire de la biodiversité et de son interaction avec les sociétés humaines. Confrontés aux connaissances sur la diversité des populations et des peuplements actuels, ces vestiges permettent de préciser les scénarios d’extinction et d’invasions biologiques du passé, en ce qui concerne les temps holocènes notamment, au cours desquels l’influence des facteurs climatiques est passée au second plan derrière celle de l’homme. Ces scénarios sont d’autant plus précieux que ces restes bioarchéologiques n’informent pas seulement sur la présence, l’absence ou l’abondance des espèces, mais aussi sur les usages qu’en faisaient les sociétés humaines. La collecte des données archéozoologiques et archéobotaniques dans une base de données bioarchéologiques, pérenne et utilisable par tous, représente donc un enjeu considérable, tant pour les sciences humaines que pour les sciences de la nature et la biologie de la conservation. Il a fallu plusieurs expériences et différents programmes pluri-institutionnels pour voir enfin exister une telle base de données nationale d’inventaire, officiellement reconnue comme projet du Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN-Paris).